С 13-ти лет Тотти начал выступать за «Рому». В 1993 году под руководством тренера Лучано Спинози он выиграл своё первое «скудетто», победив в чемпионате Италии своего возраста, а на следующий год выиграл Кубок Италии. В 1992 году главный тренер «Ромы» Вуядин Бошков пригласил Тотти тренироваться с основным составом команды. В возрасте 16-ти лет, 28 марта 1993 года, Тотти дебютировал в Серии А, выйдя за несколько минут до конца гостевого матча с клубом «Брешиа», завершившегося победой «Ромы» 2:0.
16 декабря 1993 года Тотти впервые вышел в стартовом составе «Ромы» в матче Кубка Италии с «Сампдорией»; та игра завершилась в пользу «Ромы», и после победы «Сампдории» в ответной игре было назначено дополнительное время, а затем серия пенальти, в которой «Рома» проиграла[2]. В следующий раз Тотти вышел на поле 27 февраля 1994 года, вновь в матче с «Сампдорией», в чемпионате страны, в этой игре «Рома» потерпела поражение 0:1[3]. Всего в сезоне Тотти вышел на поле 8 раз, благодаря Карло Маццоне, который постепенно вводил молодого футболиста в состав команды. Маццоне защищал Тотти от критики прессы[4][5]. 21 августа 1994 года Тотти забил свой первый гол за «Рому», поразив ворота «Валенсии» в товарищеской игре[6].
4 сентября 1994 года Тотти забил свой первый мяч в Серии А, поразив ворота «Фоджи»[7]. В том сезоне, несмотря на конкуренцию со стороны Абеля Бальбо и Даниэля Фонсеки, Тотти вышел на поле 21 раз и забил 4 гола, опередив по этим показателям Роберто Муцци и Марко Бранка. В 1996 году в «Рому» пришёл новый главный тренер, Карлос Бьянки, и для Тотти наступил трудный период, он мало выходил на поле и был близок к переходу в «Сампдорию»[8] или «Аякс», который мог его обменять на Яри Литманена. Но после турнира в Риме зимой 1997 года, в котором «Рома» играла против «Боруссии» из Мёнхенгладбаха «Аякса», в матче с которым, 9 февраля, Тотти забил 2 гола[9], Бьянки изменил желанию продать Тотти[10]. В 1997 году в «Рому» пришёл новый тренер, Зденек Земан, который изменил схему на 4-3-3, и сделал Тотти игроком стартового состава и главным диспетчером команды.
31 октября 1998 года Алдаир отдал Тотти повязку капитана команды. Также он отметился празднованием гола в матче с «Лацио», когда забив мяч, Тотти сорвал футболку и показал надпись на футболке, одетой под майкой «Ромы»: «Ви ho purgato ancora» («Я снова сделал вас чистыми»). По окончании сезона Франческо получил титул лучшего футболиста Италии по версии газеты Guerin Sportivo. Через год клуб занял 5-е место, а Тотти стал лучшим молодым футболистом Италии. Летом, после поражения в Кубке Италии от «Аталанты», Земан был уволен, а «Рому» возглавил Фабио Капелло. Капелло сразу начал строить команду вокруг Тотти, однако первый сезон у «Ромы» не вышел: клуб занял 6-е место, но сам Тотти был одним из лучших игроков чемпионата, по окончании которого получил титул Футболист года в Италии.
Перед сезоном 2000/01 «Рома» купила у «Фиорентины» Габриэля Батистуту, который вместе с Марко Дельвеккьо и Тотти составил треугольник атаки римлян. Тотти в сезоне забил несколько важных мячей, в частности сделал «дубль» на Сан-Сиро в матче с «Миланом». В том сезоне «Рома», победив «Парму» в последнем туре со счётом 3:1 (первый гол забил Тотти), завоевала скудетто. В честь победы Тотти вытатуировал на правом плече гладиатора[11]. Тотти вновь стал футболистом года в Италии, также занял 5-е место в опросе на присуждение «Золотого мяча». 19 августа 2001 года Тотти выиграл Суперкубок Италии — «Рома» обыграла «Фиорентину» со счётом 3:0, третий гол забил Тотти. В середине сезона Тотти продлил контракт с клубом на 4 года, став одним из самых высокооплачеваемых футбоилстов мира[12].
В следующем сезоне Тотти получил несколько травм, однако смог забить 8 голов. А «Рома» заняла второе место, лишь на очко отстав от «Ювентуса». В сезоне 2002/03 Тотти впервые начал играть на месте центрального нападающего, несмотря на то, что предыдущую часть карьеры от провёл на позиции «треквартисты». В том же сезоне он сделал свой единственный хет-трик в Серии А, трижды забив в ворота «Брешии»; 30 октября 2002 года в гостевом матче Лиги чемпионов с «Реалом» он забил единственный гол в матче, принеся победу своей команде. Рома вышла в финал Кубка Италии, но там проиграла «Милану» с общим счётом 3:6 (все голы у «Ромы» забил Тотти). По окончании сезона Франческо вновь был признан лучшим игроком в Италии по обоим версиям. В сезоне 2003/04 Тотти забил в чемпионате 20 голов, установив личное достижение. Вместе с «Ромой» он во второй раз выиграл серебряные медали национального чемпионата, а затем был признан Guerin Sportivo лучшим игроком первенства. В следующем сезоне Тотти забил свой 100-й гол в составе «Ромы», поразив 3 октября ворота «Интера» ударом с 30-ти метров. 19 декабря Тотти забил свой 107 гол за «Рому», который сделал его лучшим бомбардиром римского клуба в истории, он опередил Роберто Пруццо.
Зимой 2005 года «Рому» возглавил Лучано Спаллетти. Он сразу же начал перестройку игры клуба, сменив схему на 4–2–3–1, с двумя вингерами и одним атакующим полузащитником в лице Тотти. В январе Тотти стал участником неприятного эпизода: в матче Кубка Италии с клубом «Сиена» болельщики римского клуба после гола зажгли дымовые шашки, Тотти попытался успокоить болельщиков, но те лишь освистали его. За этот Тотти сказал, что подобное поведение фанатов может послужить причиной его ухода[13]. Весной 2005 года Тотти продлил контракт с клубом, подписав его на 5 лет с ежегодной выплатой 5,4 млн евро, а выплата налогов с заработной платы Тотти «легла» на клуб. В том сезоне Тотти продолжал играть на позиции нападающего. В следующем сезоне Тоти уже играл на привычной позиции «треквартисты» и забил 17 голов. В январе 2006 года Пеле на всемирном экономическом форуме в Давосе назвал Тотти лучшим игроком мира, впечатлённый игрой Франческо в матче с «Ливорно», в котором Тотти забил 2 гола[14]. В том же сезоне, 19 февраля матче с «Эмполи», на 7-й минуте встречи Тотти был сбит защитником «Эмполи» Рикардом Ванильи и получил трещину малой берцовой кости и растяжение связок голеностопа. Первоначально даже предполагалось, что травма может помешать Тотти участвовать на чемпионате мира[15]. Однако спустя 3 месяца Франческо смог восстановится от последствий травмы и участвовал на мировом первенстве.
В следующем сезоне Тотти забил 26 голов в чемпионате и 31 гол в сезоне, побив свой голевой рекорд. Вместе с «Ромой» Тотти дошёл до 1/4 финала Лиги чемпионов, а также победил в Кубке Италии. 11 февраля 2007 года Тотти забил свой 139 мяч в серии А, став самым результативным игроком, среди действующих футболистов. В том же году он за свои голевые успехи получил не только титул лучшего бомбардира чемпионата Италии, но и «Золотую бутсу», лучшего бомбардира европейских первенств. Добиться этого титула ему помог последний тур, в котором он опередил Рууда Ван Нистелроя, благодаря двум голам в ворота «Мессины»[16]. Несмотря на этот успех, в опросе на обладателя Золотого мяча Тотти забил лишь 10 место, набрав 20 голосов. 19 августа 2007 года Тотти выиграл свой второй, в карьере, Суперкубок Италии.
Перед первым матчем сезона 2007/2008 с «Сиеной» Тотти получил «Золотую бутсу», завоёванную в прошедшем сезоне. После удачного для себя начала сезона Тотти получил травму в матче Лиги чемпионов с лиссабонским «Спортингом», но затем вернулся на поле и вновь стал забивать, однако в игре с «Наполи» вновь травмировался. 16 января 2008 года Тотти забил два гола в матче Кубка Италии с «Торино», доведя количество своих мячей за «Рому» до 200. 28 января Тотти в 5-й раз в карьере стал лучшим итальянским футболистом в серии А, став обладателем рекордных 11 призов Оскара дель Кальчо. 27 февраля Тотти побил рекорд «Ромы»: он сыграл 387 матчей в серии А, опередив Джакомо Лози, игрока римлян 1960-х годов. Гостевой матч с «Наполи», сыгранный 9 марта, стал для Тотти 500-й игрой в составе «Ромы». 19 апреля в матче с «Ливорно» Тотти получил третью в сезоне травму, разрыв крестообразных связок. Из-за этого повреждения Франческо остался без футбола на несколько месяцев. В том сезоне «Рома» вновь выиграла Кубок Италии; Тотти в игре не участвовал, но вышел на церемонию награждения и первым поднял в воздух выигранный клубом трофей.
В начале следующего сезона Тотти вернулся на поле и сыграл концовку матча на Суперкубок Италии, в этой игре, завершившейся вничью 2:2, Тотти не забил решающий послематчевый пенальти, пробив в перекладину. В результате трофей достался сопернику «Ромы», «Интеру». Начало сезона Тотти пропустил из-за усугубления травмы, случившегося в матче Суперкубка после удара Тотти защитником «Интера» Майконом. К середине первого круга, Тотти вернулся на поле. 8 ноября он сыграл свой 400-й матч в Серии А, а 14 декабря забил 170-й гол, поразив ворота «Кальяри». 19 апреля 2009 года, забив 2 гола в ворота «Лечче», Тотти стал самым результативным игроком «Ромы» всех времён, опередив Амедео Амадеи. 31 мая 2009 года Тотти забил свой 178 гол в Серии А, став на 9-ю строчку в списке лучших бомбардиров Серии А в истории и опередив по этому показателю Джампьеро Бониперти.
28 июля 2009 года, в возрасте 32-х лет и 10-ти месяцев, Тотти продлил контракт с «Ромой» на 5 лет, по нему он будет получать 5 млн евро годовых[17]. Однако клуб сообщил, что контракт с нападающим подписан не был[18]. В первой игре сезона Тотти забил два гола в ворота «Гента». А в ответной игре забил три мяча, а «Рома» выиграла 7:1. Позже Тотти сделал ещё один хэт-трик, забив 3 гола в ворота «Кошице». Несмотря на голы Тотти, «Рома» выступала неудачно[19], и Спаллетти был уволен. Его место занял Клаудио Раньери. В Тотти стали беспокоить боли в спине[20], а затем он получил рецидив старой травмы правого колена[21], из-за которой Франческо пропустил несколько матчей[22]. 26 октября Тотти перенёс операцию на правом колене[23]. 22 ноября, в матче 13 тура с «Бари», Тотти впервые после операции вернулся и забил в этой игре 3 гола, принеся победу «Роме» со счётом 3:1[24]. После игры Тотти сказал: «Давайте, скажите, что я закончил с большим футболом! Теперь, надеюсь, они будут повторять эту фразу, ведь она приносит мне удачу. Давайте и дальше говорите, что я закончил с большим футболом! Это все, что я скажу сегодня, потому что слишком просто давать интервью после хет-трика. Пойду-ка я домой»[25].
Тотти начал международную карьеру с самого молодого возраста национальной команды. Со сборной до 18 лет он в 1995 году стал вице-чемпионом Европы. В финале этого турнира, в котором итальянцы проиграли Испании со счётом 1:4, Тотти забил единственный мяч своей команды[26]. В следующем году Тотти стал чемпионом Европы со сборной Италии до 21 года. В финале турнира, вновь со сборной Испании, Тотти забил единственный гол итальянцев; игра завершилась со счётом 1:1, а в серии пенальти Италия оказалась сильнее (Тотти свой пенальти реализовал). В 1997 году Тотти выиграл в составе сборной до 23 лет Средиземноморские игры. В турнира Италия обыграла Турцию со счётом 5:1, а Тотти забил 2 гола, всего же в турнире он 5 раз поражал ворота соперников.
Несмотря на удачные действия в составе молодёжных сборных и в чемпионате страны, Тотти не пользовался поддержкой главного тренера первой сборной Италии, Чезаре Мальдини, который не взял Франческо на чемпионат мира 1998. Тотти дебютировал в сборной лишь после ухода Мальдини, 10 октября 1998 года в матче со Швейцарией. 26 апреля следующего года Тотти забил свой первый гол за сборную, поразив ворота Португалии.
В 2000 году Тотти поехал в составе сборной на чемпионат Европы. Там он провёл 5 игр и забил два гола, поразив ворота Бельгии и Румынии. Однако чаще Тотти выходил со скамейки запасных, проиграв борьбу за место в основном составе Алессандро Дель Пьеро. В полуфинале Тотти с Голландией Тотти забил послематчевый пенальти, а затем участвовал в финале, где Италия проиграла Франции. На следующем крупном турнире, чемпионате мира 2002, Тотти провёл все 4 игры. В матче 1/8 финала со сборной Южной Кореи он был удалён с поля на 105 минуте встречи. После этого корейцы забили «золотой гол»[27].
На Евро 2004 Тотти провёл 1 матч с Данией. В этой игре он был удалён с поля из-за плевка в лицо игрока датчан, Кристиана Поульсена. Судья в поле эпизода не видел, однако камеры зафиксировали поступок Франческо, который был дисквалифицирован на 3 игры[28]. В том же году, 13 октября, Тотти сделал свой первый дубль за сборную, дважды забив в ворота сборной Белоруссии. В 2006 году Тотти поехал на чемпионат мира, несмотря на то, что он лишь несколько недель до этого смог полноценно тренироваться после лечения от перенесённой травмы. Тотти провёл на турнире 7 матчей и забил 1 гол (в ворота Австралии в 1/8 финала), сделал 4 голевые передачи. 9 июля 2006 года, после победы Италии над Францией, Тотти стал чемпионом мира. В финальном матче он провёл 61 минуту, после чего его заменил одноклубник из «Ромы», Даниэле Де Росси[29]. По окончании турнира Тотти был включён в список 23-х лучших его игроков.
После чемпионата мира Тотти попросил нового наставника сборной Италии, Роберто Донадони, временно не призывать его в состав сборной, чтобы он смог набрать форму после травмы и тяжёлого чемпионата мира. 20 июля 2007 года Тотти официально объявил, что не будет больше выступать за сборную. Он сказал: «Моя основная проблема — это физика. Из-за проблем с лодыжкой и спиной, я не смогу одновременно играть за „Рому“ и за сборную. Сборная потребует увеличения усилий, которые моя лодыжка просто не сможет выдержать. „Рома“ в этом отношении имеет абсолютный приоритет»[30]. Когда Тотти спросили, что будет, если его пригласят в состав сборной на финальный турнир чемпионата Европы 2008, он сказал: «я знаю командные правила, и из уважения к ним я никогда бы не смог возвратиться в состав скуадры адзурры»[31].
Осенью 2009 года, за несколько матчей до окончания отборочного турнира к чемпионата мира, Тотти изъявил желание вернуться в состав сборной Италии
